В пресных озерах умеренного пояса химическим и биохимическим путем нередко осаждаются окислы железа, выносимые грунтовыми и почвенными водами как продукты выветривания горных пород. Они образуют обычно округлые конкреционные образования типа оолитов или, как их иначе называют, бобовин. Скопления таких бобовин образуют на дне ряда наших северных озер залежи так называемой озерной бобовой железной руды. В озерах тропической зоны, где химическое выветривание более интенсивно, таким же путем могут возникать залежи алюминиевых руд, или бокситов, с бобовой текстурой.
Органогенные осадки. Эти осадки являются второй характерной группой озерных отложений. Среди них в свою очередь можно выделить два принципиально различных рода образований — минеральные и органические.
Органогенные минеральные отложения образуются в озерах в результате накопления на дне их твердых скелетных частей организмов. Сюда относятся образующиеся в некоторых озерах тепло - умеренного и тропического поясов озерные ракушечные известняки, состоящие из раковин некоторых пресноводных и солоноватоводных двустворок и брюхоногих моллюсков, например палюдин (живородок). Однако подобного рода отложения сравнительно редки, так как обычно количество моллюсков, населяющих дно озер, недостаточно для образования чистых ракушечных известняков.
Значительно шире распространены кремнистые озерные органогенные отложения — озерные трепела, или диатомиты весьма характерные для многих пресных озер областей с влажным умеренным климатом. Они представляют собой скопления мельчайших кремневых скорлупок одноклеточных диатомовых водорослей, населяющих толщу озерных вод. Залежи озерных трепелов местами представляют собой полезные ископаемые.
Еще более широко распространены в пресных озерах чисто органические осадки — глилостные илы (сапропели, сапроколлы). Они образуются за счет отмирания мелких животных и растительных организмов, обитающих в озерных водах умеренного климата и после смерти падающих на дно. Здесь, в условиях почти полного отсутствия кислорода, их трупы разлагаются с образованием органического ила, богатого углеводородами. Это жирная коллоидная масса с резким запахом сероводорода. Значительная роль в преобразовании органических остатков в этих условиях принадлежит анаэробным бактериям, использующим для дыхания химически связанный кислород органического вещества. По мере накопления толщи озерных отложений полужидкий сапропель уплотняется и превращается в черно-коричневую плотную, но очень легкую породу с раковистым изломом - сапроколлу. Сапропели и сапроколлы в сухом виде горят, но запасы их невелики и в качестве минеральноготоплива они обычно не используются. Практическое применение эти отложения находят как сырье для получения перегонки ихтиола и других органических соединенений.